Olá amigo,
Em relação a compactação MJPEG ou JPEG faz uma grande diferença, principalmente se o número de câmeras no projeto for muito grande, pois nestas compressões as fotos são transmitidas completas, não sendo aproveitadas similaridades entre quadros. Em relação ao MPEG4 normalmente a diferença não é muito grande, variando em média entre 30 e 40% menor. Mas isto vai depender de diversos outros fatores como complexidade da imagem, perfil de compactação (main, baseline, etc.), qualidade do equipamento, qualidade da rede, etc.
Resumindo, se você tem um projeto pequeno com poucas câmeras não vai fazer muita diferença, mas se a tendência é um número elevado de câmeras ou monitoramento remoto via internet o uso de câmeras H.264 será bem mais vantajoso.